Constituida sobre la base de la Biblioteca Histórico-Militar-Nacional; reajustando su estructura genealógica a un sistema más funcional que facilite su ordenamiento y su explotación al punto de vista de la investigación Histórico Militar.

Se constituyó por importantes donaciones que hizo de su biblioteca, el historiador y fundador del Centro, Coronel Manuel C. Bonilla. Sus fondos se incrementaron con adquisiciones de las Comisiones Directivas que se han sucedido, y con la donación de las bibliotecas personales de los generales Felipe de la Barra y Juan de Dios Cuadros, hechas por sus familiares, así como de asociados que permanentemente contribuyen con donaciones.

La Biblioteca es especializada en historia, dispone de las principales obras escritas sobre el Incanato, la Conquista, el Virreinato y la vida Republicana. También obras de Historia Militar Universal de las guerras y batallas de los grandes generales. Se dispone de más de 20,000 obras en las que además de su naturaleza militar responde también a cultura general, nacional y universal.